
Presentación de metaloproteasa
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Biology
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Hard
Franco Laureano
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10 Slides • 4 Questions
1
Análisis estructural de una metaloproteasa antártica
By Franco Laureano
2
Psicrófila
Mayor labilidad
Antártica
Hidroliza enlaces peptídicos
Requiere un ion metálico para la catálisis
Metaloproteasa
Características:
3
Multiple Choice
¿Cuál es la temperatura óptima de actividad de una enzima psicrófila?
0 a 5 ºC
5 a 10 ºC
10 a 20 ºC
20 a 30 ºC
4
Enzimas sintetizadas por organismos psicrófilos o psicrotolerantes. Son activas a bajas temperaturas.
Tienen una temperatura óptima de actividad de entre 20 y 30 ºC
Enzimas psicrófilas
Las enzimas sicrófilas (azul) son hasta diez veces más activas a temperaturas bajas y moderadas (20-30°C) que sus homólogos mesófilos (rojo).
5
Multiple Select
¿Qué estrategias se pueden generar a nivel de la estructura primaria?
Altos contenidos de arginina y prolina
Bajos contenidos de ácido glutámico, ácido aspártico
Alta cantidad de glicina
6
Glicina: ya que está implicada en la formación de alfa-hélices, impidiendo que se formen estructuras muy compactas.
Altos contenidos de:
Arginina y Prolina: forman enlaces de hidrógeno y puentes salinos. La prolina permite cambios bruscos de dirección de la cadena polipeptídica, produce curvaturas y rupturas de la estructura de las alfa-hélices y disminuye la estabilización por puentes de H.
Arginina, Ácido glutámico, Ácido aspártico: ya que estos son buenos donadores o aceptores de puentes de hidrógenos.
Bajos contenidos de:
Labilidad
7
La proteína se purificó a partir de un micorganismo antártico sicrófilo.
Obtención de la proteína
Mediante la técnica espectometría de masa se obtuvo una secuencia en formato fasta.
Obtención de la secuencia
Obtención de la estructura
El fasta se comparó con la base de datos de de MPI Bioinformatics Toolkit y mediante HHpred se realizó una predicción de la estructura por homología.
8
El fasta se comparó con la base de datos de de MPI Bioinformatics Toolkit y mediante HHpred se realizó una predicción de la estructura por homología.
Obtención de la estructura
9
1G9K: G 13%; P 2,2%; R 2,2%; E 2,3%; D 8,6%
1KAP: G 11,5%; P 2,3%; R 1,7%; E 2,5%; D 9,4%
Secuencia: G 12%; P 1,5%; R 1,2%; E 1,7%; D 7,7%
Labilidad
10
Estructura de 1KAP
11
Poll
¿Qué parámetros de validación no serían aceptables para 1KAP?
Resolución
Relación entre resolución y R-valor
Relación entre los valores de R
Valor de Ramachandran
12
Estructura de 1G9K
13
Poll
¿Qué parámetros de validación no serían aceptables para 1G9K?
Resolución
Relación entre resolución y R-valor
Relación entre los valores de R
Valor de Ramachandran
14
Estructura por homología
Análisis estructural de una metaloproteasa antártica
By Franco Laureano
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