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Todos los años, en el mes de octubre, una tradición popular hace que muchos feligreses invadan la iglesia de las Nazarenas para venerar al Señor de los Milagros. La historia comienza en el siglo XVII. Cuentan que la imagen del Señor de los Milagros fue pintada en un barrio de Pachacamilla, por un moreno llamado Benito.

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Sucedió que, en 1655, un fuerte terremoto sacudió la ciudad de Lima, reduciendo todo a escombros, incluyendo el puerto del Callao. Pero, en el barrio de Pachacamilla, destruido también , sólo quedaba en pie el antiguo muro donde el esclavo había pintado al Señor. Allí el pueblo empezó a rendirle culto a la imagen.

​Treinta y dos años después, otro sismo destruyó Lima. El milagro se repitió: la imagen seguía intacta sobre el muro, sin un rasguño, ya a su alrededor se refugiaron muchos fieles. Aquel trágico día, hace más de 300 años salió por primera vez en procesión por las polvorientas calles del barrio de Pachacamilla una copia pintada al óleo. Esta muestra de fe era para dar gracias a Dios por las vidas salvadas y para obtener piedad por el pueblo peruano, luego del desastre. Desde entonces, todos los años se repetía la procesión en el mes de octubre.

​A mediados del año de 1690, el recorrido de la procesión del Señor de los Milagros había rebasado los límites del barrio y ya todo Lima se había adentrado en su fe. En 1718,el virrey Manuel Amat y Juniet mandó construir la iglesia para el Nazareno y cedió un terreno para el convento de las Nazarenas.

​Desde esa fecha hasta el día de hoy, la copia al óleo de la imagen del Señor de los Milagros sale en procesión y, alrededor de ella, se concentran muchos personajes. Durante varios siglos han sido incontables los milagros que se le atribuyen, y la fe católica del pueblo peruano hacia Él es indescriptible.